Faktury zaliczkowe w KSeF. Jak prawidłowo wystawiać i rozliczać

Otrzymanie zapłaty przed dokonaniem dostawy towarów lub świadczeniem usług co do zasady przyspiesza obowiązek podatkowy w VAT i wymaga udokumentowania fakturą zaliczkową. Od momentu wejścia w życie obowiązkowego KSeF faktury te muszą być wystawiane w systemie, co wiąże się z konkretnymi wymogami technicznymi oraz wyzwaniami w ich rozliczaniu. Obecnie stosowana jest struktura FA(2), jednak od 1 lutego 2026 roku obowiązywać będzie struktura FA(3), która wprowadzi dodatkowe zmiany w sposobie dokumentowania i rozliczania zaliczek.

Przedsiębiorcy wystawiający faktury zaliczkowe w Krajowym Systemie e-Faktur muszą obecnie stosować strukturę FA(2). Od 1 lutego 2026 roku wejdzie w życie nowa struktura FA(3), która będzie wykorzystywana również do wystawiania faktur rozliczeniowych w sytuacji, gdy faktura zaliczkowa została wystawiona przed tą datą przy użyciu struktury FA(2) lub FA(1).

Nowa struktura faktury FA(3) wystawianej w KSeF »

Czy faktura zaliczkowa powinna mieć specjalne oznaczenie

Nie ma obowiązku umieszczania na fakturze zaliczkowej, tj. na fakturze dokumentującej przyjęcie płatności przed realizacją świadczenia, słowa "zaliczka". Przepisy nie wprowadzają również wymogu wskazywania nazwy "faktura zaliczkowa" (podobnie jak aktualnie nie trzeba oznaczać faktury korygującej stosownym określeniem).

Przykładowo można również przyjąć, że nie ma obowiązku korygowania faktury (którą omyłkowo określono jako zaliczkowa) właśnie tylko z tego względu, iż jej wystawca w nagłówku dodatkowo umieścił wyraz "zaliczkowa", tym bardziej gdy faktura zawiera wszystkie elementy, jakie powinna zawierać faktura dokumentująca wydanie towaru bądź wykonanie usługi w konkretnym przypadku.

Mimo że na podstawie art. 106f ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług faktura zaliczkowa nie musi mieć takiego oznaczenia, to w strukturze faktury obowiązkowe jest pole RodzajFaktury, w którym wybieramy jedną z opcji:

• "ZAL" - w przypadku faktury dokumentującej otrzymanie zapłaty lub jej części przed dokonaniem czynności oraz w przypadku ostatniej faktury zaliczkowej, gdy zaliczki obejmują całość ceny,
• "ROZ" - w przypadku faktury wystawionej po dokonaniu dostawy towarów lub wykonaniu usługi, jeśli zaliczka nie obejmowała 100%,
• "KOR_ZAL" - w przypadku faktury korygującej fakturę dokumentującą otrzymanie zapłaty lub jej części przed dokonaniem czynności oraz ostatnią fakturę zaliczkową, gdy zaliczki obejmują całość ceny,
• "KOR_ROZ" - w przypadku faktury korygującej fakturę wystawioną po dokonaniu dostawy towarów lub wykonaniu usługi, jeśli zaliczka nie obejmowała 100%.

Jeśli podatnik nie wystawia faktury zaliczkowej, gdyż zaliczkę otrzymał w tym samym miesiącu, w którym dokonał czynności, na poczet których otrzymał całość lub część tej zapłaty, to wystawiona faktura dokumentująca dostawę towarów lub świadczenie usług powinna posiadać oznaczenie "ROZ".

Jakie informacje o zamówieniu powinna zawierać faktura zaliczkowa

Zgodnie z art. 106f ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT, faktura zaliczkowa musi zawierać szczegółowe dane dotyczące zamówienia lub umowy, w szczególności:

• nazwę (rodzaj) towaru lub usługi,
• ilość zamówionych towarów,
• wartość zamówionych towarów.

Dane te powinny być na tyle precyzyjne, aby jednoznacznie i niezmiennie określić przyszłą dostawę lub świadczenie usług pod względem podmiotowym i przedmiotowym. Jak podkreślił Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 27 czerwca 2024 roku (sygn. akt I FSK 304/20), nie każda wcześniejsza płatność stanowi zaliczkę w rozumieniu przepisów o VAT. Otrzymane wynagrodzenie musi odnosić się do zindywidualizowanej dostawy towaru lub świadczenia usług.

Wystawiając fakturę zaliczkową, nie musimy wypełniać pól z elementu FaWiersz dla Fa, który uzupełniamy dla zwykłych faktur, wpisując wartości zamówienia i podatku. Jest to element nieobowiązkowy dla faktury zaliczkowej, faktury korygującej fakturę zaliczkową. Gdy będziemy natomiast wystawiać faktury rozliczeniowe, to jak informuje MF w broszurze informacyjnej, w tym elemencie należy wykazać pełne wartości zamówienia lub umowy.

Czy można wystawić zerową fakturę rozliczeniową

Z art. 106f ustawy o VAT wynika, że:

• jeżeli faktura zaliczkowa nie obejmuje całej zapłaty, to w fakturze wystawianej po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi sumę wartości towarów lub usług pomniejsza się o wartość otrzymanych części zapłaty, a kwotę podatku pomniejsza się o sumę kwot podatku wykazanego w fakturach dokumentujących otrzymanie części zapłaty; faktura końcowa powinna również zawierać numery KSeF faktury zaliczkowej, a w przypadku faktur innych niż faktury ustrukturyzowane - numery tych faktur;

• gdy wystawiono więcej niż jedną fakturę zaliczkową, które obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur powinna zawierać również numery KSeF poprzednich faktur, a w przypadku faktur innych niż faktury ustrukturyzowane - numery poprzednich faktur.

W elemencie FakturaZaliczkowa dla Fa znajdziemy następujące pola, które uzupełniamy dla faktur rozliczeniowych lub ostatniej faktury zaliczkowej obejmującej 100% ceny, jeśli faktury zaliczkowe były wystawione poza KSeF:

• NrKSeFZN - wpisujemy "1" w przypadku, gdy faktura zaliczkowa została wystawiona poza KSeF; gdy w polu NrKSeFZN wpiszemy "1", należy wypełnić również pole NrFaZaliczkowej;
• NrFaZaliczkowej - wpisujemy numer lub numery faktury zaliczkowej wystawionej poza KSeF, które mamy obowiązek wskazać w ostatniej fakturze zaliczkowej lub rozliczeniowej; jest to pole obowiązkowe, gdy w polu NrKSeFZN wpisano "1".

Numer KSeF jest automatycznie generowany przez system i przekazywany w UPO. Sprzedawca powinien przechowywać numer KSeF z uwagi na wymóg podawania go w ewentualnie wystawianych fakturach korygujących oraz fakturach końcowych, gdy wystawiono fakturę zaliczkową.

Autor: Łukasz Matusiakiewicz